Во-первых, излишнее выступание клапанов может быть только в случаях:
1. замены изношенных клапанов на "левые",
2. ошибки станочников при замене сёдел,
3. при шлифовке плоскости головки на запредельную величину
4. при совпадении всех этих факторов
В этом случае, при всего -лишь легком контакте клапанов с поршнями первоначально, можно дефект и не заметить. Бывает, что клапана выбивают себе "жизненное пространство" на поверхности поршня, и потом нормально работают. Однако, в "неравной борьбе" клапанов с поршнями часто случается, что клапан слегка искривляется, тарелка его касается седла сначала одним краем, потом, под воздействием пружины, клапан закрывается почти полностью. Стержень клапана работает на изгиб, в конце концов, тарелку клапана обрывает .... конец поршню, конец голове... бывает, и блок нужно выкинуть.
В случае превышения утопания клапанов. Это - гораздо чаще, налево и направо, - износ
1. Потеря компрессии. Посчитайте площадь клапанов в цилиндре, и, исходя из объёма цилиндра, диаметра поршня, степени сжатия, и превышения утопания (элементарная геометрия) легко можете высчитать % потери геометрической степени сжатия. Результат проявляется если не сразу, то в морозы - обязательно. Плохой пуск, "расколбас" на холостых до прогрева.
2. Гидрокомпенсаторы при "просаженных" клапанах и сёдлах могут просто не дать закрыться клапанам - хода не хватит. Результат - вы можете вообще не завести двигатель.
Нужно ещё конкретнее? Типа, "А вчерась дядя Вася просадил клапана на пол-соломины, и его дизель аж заколдобило..."

Замерить размер, параметр, в процессе сборки, вовремя принять меры к его исправлению обходится гораздо дешевле, чем потом "чесать репу", искать причину, разбирать и устранять.