Ну нет таких, у кого было такое, или не наткнулись на твою тему. Помогаем чем можем.
Может тогда посмотреть размах шима в этот момент? Может просадка происходит? Или отдельную проводку кинуть... Из за плохого контакта место падения напруги прогревается и контакт становится лучше. Про подклинивание дозатора тоже не плохая мысль. На машине не сталкивался, а на разобранных насосах часто такое наблюдается. первый проход дозатора тугой, а потом нормальный.
Недавно топливщик принес крышку с приговором. Подключил к VE тестеру, дефекта не увидел, за исключением повышенного тока. Но с таким током крышки работают на машинах. Через час опять приносит. И вот оно - явный клин. Пришлось ремонтировать. Даже так бывает. Но в твоем случае наверно не это, а может и другая голова такая же.
Еще в ЭБУ может контакт пропадать, тогда и замена проводки не поможет. Но осциллографом все увидишь.