Клапаны на дизеле гнет всегда, отсутствие отпечатков не свидетельствует об отсутствии столкновений.
Выборки на поршне глубиной 1,3 мм скорее не для страховки от столкновения, а завихрители для камеры сгорания. В любом случае все клапаны надо снять, проверить биение фаски в призмах и только после этого принимать решение - оставлять/заменять.
Зубчатый шкив коленвала сидит на подобии шпонки. Болт разовый, затяжка строго по мануалу (зверская).
То что стояла ПГБ с тремя метками, ни о чем не говорит. Возможно, поставили что было. В любом случае необходимо измерять выступание поршней. Измеряют только в плоскости поршневого пальца/коленвала (чтобы поршень не качался).
Головку блока без обсуждения шлифовать (Вашу можно фрезеровать) иначе последующие пробои ПГБ гарантированы. Упаси Боже пробовать шлифовать вручную. Болты ГБ - разовые, болты осей коромысел и крышек РВ - разовые, болты форсунок - разовые и уплотнения на форсунках - разовые. Перед обработкой плоскости головки с нее надо снять все в ноль, как с фабрики.
С блоком все очень сложно. Если сумеете достать лекальную шабровочную линейку, то может быть Вам удастся на просвет с фонариком увидеть провалы на блоке, но для этого надо опыт иметь, а то можете увидать и то, чего нет. Вообще я плохо верю в местный провал на блоке, если только не удар молотка или результат падения.... хотя всякое бывает.
Причины пробоя ПГБ надо еще выяснять. Головку, хоть и новая, надо опрессовать. Может быть болты ГБ затянули не по норме или не заменили на продажу....
В общем, работенка Вам предстоит не малая.
Найдите на торрентах программу Эльза поможет всеми справочными данными и описаниями работ что в какой последовательности делается.