Доброго времени суток!
При положении метки напротив заостренного штифта поршни первого и шестого цилиндров в ВМТ, выставляется опережение впрыска. При положении метки напротив болтика кожуха первый и шестой цилиндры в НМТ, шпонка коленвала смотрит вниз (она ориентирована на первую/шестую шейку, как обычно), в этом положении производится сборка привода ГРМ. Действительно, при этом ни один поршень не находится в ВМТ, поршни со второго по пятый занимают одинаковое положение, на треть рабочего хода ниже ВМТ...
По поводу меток - действительно, 51 от колена до распредвала и 25 от РВ до ТНВД, но не впадин, а зубьев. Как правильно указал Александр Юрьевич, метки на шкивах нанесены напротив зубьев, т.е. на них ложатся впадины ремня, а вот считать надо именно зубья от впадины до впадины.
Ответные метки на кожухе и кронштейне ТНВД могут быть, но не всегда. Лично у меня, на родном двигателе их не было, а вот на контрактнике есть...