Из своего понимания ситуации вижу теперешнюю проблему в раннем зажигании, т.к. стук в двигателе идет из газораспределительного механизма и стробоскоп все -таки иногда показывает опережение.
Видимо с материальной частью у Вас не очень здорово, ибо никогда ни в одном моторе, хоть в бензиновом, хоть в дизельном, ни при раннем, ни при позднем опережении стука в газораспределительном механизме не будет ни при каких условиях. При раннем опережении могут быть стучащие звуки от самого процесса жесткого сгорания топлива. Эти стуки могут дополняться и усиливаться ударами в кривошипно-шатунном механизме из-за этого самого жесткого сгорания. Но в механизме газораспределения ничего стучать не может окромя сочленения толкатель-клапан. Но оно стучит всегда если работает с зазором или не стучит никогда если толкатель беззазорный
(гидравлический).
Все это я понаписал не для того, чтобы ткнуть Вас носом. Нет! Ну не знаете и не знаете. Вы же не авторемонтник! Просто, если уровень подготовки не высок, не стоит и пытаться сделать что либо со своим мотором самостоятельно. Эти времена давно прошли.
Можете подсказать каким образом на коммонрейле происходит управление опережением, что может влиять на него или подскажите, где можно почитать про это?
По поводу литературы - например, вот это
http://forum.dieselirk.ru/index.php?topic=6955.0.
Ее можно и купить и скачать с торрентов. Но это просто для того, чтобы не задавать чумовых вопросов. Увы, что либо
(окромя как поломать) Вы со своей топливной аппаратурой сделать ничего не сможете. Не смогут и очень умные и опытные дизелисты, если они не изучали системы CR, много, очень много времени не натаскивались на них, и не имеют кучу очень дорогого и сложного оборудования для работы с этими системами.
В системе Вашего автомобиля все,
абсолютно все, параметры подачи топлива (общее количество, момент начала, сколько раз впрыснуть за один рабочий ход, сколько впрыснуть в один цилиндр и сколько в другой и ....и ....и...) рассчитывается компьютером практически для каждого оборота коленвала. Никакие стробоскопы тут не действуют, никакие волшебные винтики, которые подкрутил и .... не существуют. С виду все просто как батон за 13 копеек: насос качает, форсунки получив команду по проводам впрыскивают. Но эта простота видимая исключительно с водительского кресла.