Некоторое уточнение: стоимость диагностики, как отдельной операции (комплекса работ) - это одно, второе, это если ремонт будет производиться у вас, то справедливо будет, если стоимость ремонта покроет стоимость диагностики, так как, проведя диагностику, вы уже сделали часть ремонта.
нет уж, извините.

Диагностика - это такая же работа, как и другие. Причем, как уже писал, в современных автомобилях, уровень профессионализма этой работы на голову выше обычных. Почему же ее не будут учитывать при подсчете трудозатрат?
Да, когда купил сканер, то три года работал им бесплатно (за диагностику сканером не брал денег). Но сейчас, когда достаточно освоил имеющиеся у меня сканеры и уверен за поставленные диагнозы - беру за это деньги, причем хорошие деньги. Некоторым кажется диким, когда за пять минут работы со сканером и десять минут "разжевывания" им результатов того, что показал мне сканер, я беру от тысячи до двух тысяч рублей. Ну так нет проблем, они могут ехать в другой сервис, где вам разберут полмашины, возьмут плату за каждую снятую деталь, и еще не факт, что найдут неисправность.
Когда работаю со сканером, то это как бы еще простительно для меня с их точки зрения. Но когда за три-пять минут наружного осмотра машины беру 500 рублей, то это для некоторых просто ни в какие ворота не лезет.

Но ведь за эти три минуты просматривается такое количество факторов, влияющих на работы двигателя и системы питания, и делается такое количество аналитических выводов, что они просто не понимают, что же было сделано в реальности.

И начинается...
В лучшем случае начинаются вопросы:"А вот это не может быть?" Отвечаешь:"Если бы это было так, то тогда вот этого не было бы." И такие вопросы и ответы продолжаются достаточно долго. Сейчас поступаю по другому. Никогда не спрашиваю у клиентов, что у них с машиной. Сначала смотрю, потом рассказываю сам им как их машина себя ведет на разных скоростях, на разных нагрузказ. Только после того, как они убедятся, что диагноз справедлив, спрашиваю: " Есть ли что им сказать дополнительно к тому, что уже рассказал?" Вы ведь отлично понимаете, что я не провидец и не могу рассказать некоторые нюансы в работе скажем при запуске холодного двигателя, если машина подъехала ко мне две минуты назад или про дефекты, которые проявляются раз в сутки, случайно, причем дефект не проявил себя появлением кода неисправности. На основании этой дополнительной информации составляется общее впечатление о двигателе.
В худшем случае (очень редко) находятся клиенты, которые не хотят понимать, что диагностика - это не ремонт. Если нашел, но не устранил - значит ничего не сделал. С такими лучше отдать деньги и отправить подальше.