Я совершенно не знаком с этим мотором, но учитывая хлопки в коллекторы и ошибку по рассинхронизации валов надо сделать вывод что рассинхронизация всё же есть, но не постоянно. Возможно рассинхронизация возникает из-за того, что натяжитель зуб. ремня (если там такой есть) болтает. Я бы сказал что он просто сдох (а точнее гаситель колебаний сдох) и поэтому натяжитель и вибрирует. Но вы сказали что дело в топливе. Тогда может быть вариант, что натяжитель пружинный и он в порядке, но допустим насос высокого давления приводится доп. ремнем от распредвала (как на Ауди 2,5 ТДИ В6). Насос или подклинивает, или есть проблемы с регулировкой давления, из-за чего момент на валу насоса постоянно и резко меняется, что вызывает болтание натяжителя, что вызывает рассинхронизацию и т.д. И может даже с регулировкой проблемы, потому как врет датчик давления топлива (показания давления постоянно прыгают).