Исключить электронику можно откинув разъем от ДПР и вручную вытянув рейку % на 60 от полного хода, завести машину. Двигать рейку вручную, контролируя обороты. Если на движение рейки реагирует и при задвигании ее в насос машина глохнет, то причина будет в электронике(или электрике), если опять начался неконтролируемый набор оборотов, независимо от положения рейки, причина в механике. Кстати, быстро заглушить машину можно нажав рукой кнопку под АВЗ, это при условии, что все воздушные патрубки будут стоять на месте. Кстати, если машина несколько раз уходила в разнос, советую открыть клапанные крышки и посмотреть состояние сухарей на клапанах. Они должны слегка выступать над тарелками, или быть вровень. Если они сильно изношены и глубоко провалены, при работе возможно рассухаривание клапанов с известными последствиями.
P.S. А какова предыстория неисправности? БУ случайно никто не перепрошивал?