Ну, во-первых, это не 2,4 а 2,5.
Во-вторых, на блоке есть механическая подкачка, обозначена на рисунке стрелкой. Если она исправна - подсос воздуха по фильтру исключен - фильтр под давлением, возможна только течь.
Частая болезнь этих старых Транзитов - именно засорение и отказ механической подкачки, вследствие чего в системе после нее и в фильтре (до ТНВД) создается сильное разряжение, отчего и все Ваши беды.
Лечится заменой подкачки, стоит она недорого - порядка 20 евро.

Пы-сы: Во избежание повторения дефекта рекомендую пристроить в магистрали от бака до подкачки фильтр - сеточку от 123 Мерседеса.