29 сентября 1913 года он пропал с борта парома Франция-Англия. Через несколько дней тело богато одетого мужчины было обнаружено в море. По снятым с тела предметам сын опознал отца - Рудольфа Дизеля (тело было оставлено в море). Остальное полный мрак, ибо ушел он молодым (55 лет), успешным предпринимателем и ученым, в день гибели был в прекрасном настроении, в Англию ехал на открытие нового завода по производству двигателей.....
Есть версия, что его "заказали" владельцы угольных компаний из-за того, что первоначально Дизель проектировал работу своих двигателей на угольной пыли, что сулило угледобытчикам большие прибыли. Дизель же очень быстро понял бесперспективность угольной пыли в качестве основного топлива и переключился на тяжелые нефтепродукты. То есть открыл перспективу другой конкурирующему энергетическому направлению.