Правильно, начать с свечей. Похожый дефект при познем вприске, правда троит обычно дольше 3.секунд. При замене ГРМ на врятле могли ошебится с впрыском, ГРМ вроде как на этом двигателе идет с ТНВД на распредвал, а с коленвала на ТНВД отдельный привод? (если не ошибаюсь)
Свечи, если удобно, для проверки лучше снять, и проверить наглядно.