Не знаю полностью систему на Вашей машине, однако был похожий случай на Фольсе с насосфорсунками (согласен, системы разные но алгоритм управления может быть одинаков).
Был обрыв проводки с датчика коленвала, и система управления, после 6 - 8 секунд вращения стартером, начинала "цепляться" за сигнал с распредвала. Мотор заводился, коррекции по цилиндрам соответственно не было, потому как отталкиваться было не от чего (датчик К/В в обрыве, соответственно угловое ускорение считывать несчего), мотор раскачивало, однако машина ехала. Может Ваш случай ? Проверьте питание и сигнал кранксенсора (датчика коленвала).