версия такая - причина все-таки была в форсунке, заклинил распылитель. Причина редкая, но при ней возникает полный сброс давления и стуки двигателя. После остановки двигателя насос не в состоянии больше был создать рабочее давление. Диагностика показала заниженное давление и диагностики сделали неправильный вывод о причине неисправности, приговорив по ошибке насос.
Замена насоса, естественно не изменила ситуации. При замене форсунок давление стало создаваться.
Только после этих процедур необходимо, как правило, прописать форсунки и провести адаптацию насоса (обучение). Возможно, что причина именно в этом. Без сканера вам едва ли удастся найти и устранить неисправность.