Если данная проблема никак не связана с тнвд и это просто стечение обстоятельств, то я бы после всего изложенного, что все везде в порядке, обратил свой взор на состояние вязкостной муфты. Вообще интересно, какой тип муфты там установлен. Возможно подшипник клинит после нагрева, что приводит к появлению вибрации, что обьясняет промежуток времени, после какого возникает вибрация. Это конечно же после исключения возможности обкатки двигателя вместе с вентилятором.
Я не верю, что вы способны перепутать подтраивание с вибрацией, но возможно есть проблема с форсунками или трубками.
У меня на евро 3 после проворота постели коленвала появляется вибрация, при этом авто может спокойно эксплуатироваться горе водителем более месяца без видимых причин, ни стука, ни роста температуры. Обьясню, вкладыш проворачивает и не приваривает к валу, причины знать не могу, при разборе синий вкладыш и надиры на постели. Все это немного из области фантастики, но данный случай ой как не единичен... Возможно у вас что-то похожее, тем более я так и непонял, была ли вибрация до капиталки...