Наверное это не очень правильно начинать крутить регулировки в двигателе не вполне понимая происходящее.
Для начала вопрос - почему Вы захотели регулировать угол впрыска? Что Вас не устраивало после посещения солидной фирмы? Ведь если замену цепи Вам производили без разборки двигателя (а я почему-то уверен что именно так и было), то ошибиться в фазировке мотора они просто не могли. Устройство цепного привода таково, что цепь при замещении старой цепи на новую перескочить не может. А если и перескочит, то в моторе обязательно что-нибудь сломается. То что в окошке был виден штифт, то так оно и должно быть. Метка ВМТ должна наблюдаться не в круглом окошке, а по стрелке-реперу который находиться градусов на 15 левее окошка, если стоять лицом к мотору. Так что все в солидной фирме Вам сделали, похоже, правильно, а вот Вам матчасть подучить не вредно. Двигая ТНВД в разные стороны наобум Вы сбили установку впрыска. Теперь надо ехать к спецам и производить правильную регулировку, в противном случае Вас ждут "радости" вроде прогорания форкамер и поршней. Самостоятельно, судя по всему, Вам не справиться, поскольку один из двух самых точных методов установки опережения Вы считаете неточным (+/- 5 градусов). Про заднюю точку крепления ТНВД и говорить не стоит. Есть какие-то сомнения - надо взять зеркало, фонарик и посмотреть, а не пихать гаечный ключ, авось что отвернется....
Теперь о возможных причинах недовольства мотором после замены цепи. Старая цепь вытянулась и неизбежно угол опережения ушел в поздний. Вы привыкли к звуку позднего впрыска и Вам он казался нормой. После замены цепи угол встал в норму, а возможно, что в сервисе его еще и подкорректировали до нормы. Звук стал жестче и Вас это начало волновать. Все мерсовские моторы с возрастом становятся шумнее. Это нормально. Сделать мотор тише можно только откапиталив его. Однако из сказанного вовсе не следует, что шумный мотор надо капиталить. Иные аспекты шумной работы мотора (напр. качество распылителей) пока обсуждать не будем.