Все что Вы сейчас делаете-это бесполезные пляски с бубном. Двигателю нужна комплексная диагностика с проверкой меток грм. Проверка высоты вытупания поршня может дать результат, но мерить нужно не штангелем, а индикатором. Для получения необходимой точности придется выточить для него переходник по форме форсунки и придумать как закрепить его в головке. Кроме того, необходимо выяснить форму днища поршня: если в днище поршня отлита тороидальная камера сгорания с рассекателем, то описаная выше проверка бесполезна. К сожалению с этим двигателем иметь дело вплотную не приходилось, поэтому сказать точно ничего не могу. По поводу проверки выступания поршня методом упора в клапан у меня тоже есть сомнения, поскольку грм тоже может иметь износ, что даст ошибку измерения.
Стук появляющийся и счезающий при разных режимах работы может быть вызван множеством причин, и топливная может тут быть не причем. Неисправности топливной поможет выявить диагностика на ходу, обратите внимание на коррекцию и балланс по цилиндрам. Необходимо проверять геометрию шатунов, их верхней и нижней головок, состояние пршней, поршневых пальцев, состояние цилиндров, вкладышей и тд. Без вскрытия это сделать невозможно.