для начала проверить: соответствие расчетного и реального давления в рейле, соответствие меток газораспределения и нет ли проблем с задирами блока и поршневой. Если этого нет, то, скорее всего, у вас проблемы с регулировкой форсунок. Даже если бы форсунки были непрописаны, то и в этом случае описанной вами симптоматики не было. Жесткость работы была бы повыше или перебои бы были, но сильных стуков не было бы. Если проблема действительно в форсунках, то либо поставлены неродные комплектующие (седло, распылитель), либо очень большие отклонения в регулировке.