В этом деле свободный выбор. Как удобнее, так и делайте. Если дома нет условий аккуратно подвесить двигатель и потом регулировать его высоту и положение, то состыковывать мотор с коробкой на машине будет трудно. Ведь там надо не просто попасть первичным валом коробки в отверстие диска сцепления, а потом в маховик, но и попасть в шлицы диска. Это трудоемкая задача. Поэтому может оказаться, что удобнее будет снимать и ставить мотор вместе с коробкой, поскольку состыковать мотор и коробку на земле или на столе несравнимо легче.